Canonical для страниц пагинации

Заходим в папку шаблона, открываем файл header.php и в секцию head прописываем следующий незамысловатый код:

<?
$curPage = $APPLICATION->GetCurPage(true);
if ($_GET['PAGEN_1']) {
  echo '<link rel="canonical" href="http://адрес_вашего_сайта.ru' . str_replace("index.php", "", $curPage) . '" />';
}
?>

Разумеется, не забудьте заменить указанный адрес сайта на ваш.