Где лежат картинки и миниатюры товаров

Разумеется префикс prefix_ будет использоваться для каждого сайта свой. 

Таблицы

Для хранения изображений товаров, у нас задействованы всего лишь 2 таблицы. 

Таблица prefix_jshopping_products_images - здесь хранятся изображения товара, которые будут показаны в карточке товара. Не увеличенные, не миниатюры, а средние по размеру (то есть, изображение показанное первоначально на карточке товара).

Кроме того, эти данные нужно будет продублировать в таблицу - prefix_jshopping_products, для корректного отображения в админке.

Папки

Полноразмерные изображения, средние по размеру и миниатюры все хранятся в одной папке: 
/components/com_jshopping/files/img_products

Единственное различие между этими типами состоит в том, что используется разный префикс: 
Оригинальные (самые большие, которые открываются в lightbox) изображения имеют префикс full_
Миниатюры имеют префикс thumb_
Средние по размеру изображения не имеют префиксов вообще.