Как отключить Bootstrap JS, Bootstrap CSS и JQuery?

Для этого необходимо в файл config/main.php, в массив с ключом components, добавить следующие элементы с настройками:

'assetManager' => [
    'bundles' => [
        'yii\web\JqueryAsset' => [
            'js'=>[]
        ],
        'yii\web\YiiAsset' => [
            'js'=>[]
        ],
        'yii\bootstrap\BootstrapPluginAsset' => [
            'js'=>[]
        ],
        'yii\bootstrap\BootstrapAsset' => [
            'css' => [],
        ],

    ],
],